Као последица црквеног раздвајања у Карловачкој митрополији, односно оснивања самосталне румунске митрополије у Ердељу 1864. године, и у Банатском Новом Селу се врши црквена деоба. Тако Срби 1868. године оснивају Српску црквено-школску општину на челу са Константином С. Зегом (1828-1908), и која почиње припреме за црквено раздвајање. Дотадашњи црквени живот Срба и Румуна, који је карактерисало јединство у вршењу црквене службе, у заједничкој цркви изграђеној у периоду од 1805. до 1809. године, завршило се 1875. године деобом.
Румунима као већинском становништву (у селу је у то време било 5.800 Румуна, 1.280 Срба и 50 Немаца) припала је стара црква, али су они били у обавези да Србима на име обештећења исплате 25.000 форинти аустријске вредности. Србима је припало и једно мало звоно посвећено Стефану Дечанском, један позлаћени путир од сребра са иницијалима Стефана Дечанског (налази се тренутно у ризници Владичанског двора у Вршцу), као и једна нова одежда. Даље, власт се обавезала да Србима за потребе градње нове цркве обезбеди плац о свом трошку, као и 45 ланаца ораће земље.
Скупштина Црквене општине Српске православне цркве формирана је 1872. године и она је већ 1876. од Епархијског административног одбора у Вршцу затражила дозволу за зидање свог храма. Она је добијена 18. августа исте године и Срби 31. октобра расписују лицитацију за зидање црквене зграде. Као најповољнији предузимач изабран је Франц Брандајз, зидар из Вршца за износ од 14.586 форинти аустријске вредности, а цео посао је надгледао архитекта Сава Димитријевић из Панчева.
За почетак радова на Српској цркви сматра се 20. јануар 1877. године, када је простор освећен, односно 23. јануар, када су почели да се копају темељи. На велики четвртак, 24. марта 1877. године, изградња цркве стигла је до крова, да би већ 14. априла сва грађа (сем торња) била подигнута. Након позлате коју је урадио панчевачки златар К. С. Младеновић, крст на торњу је освећен 21. маја. На крају треба рећи и да су сви предузимачки послови били готови 4. децембра 1877. године, односно тај датум се узима и као званичан завршетак зидања Српске православне цркве у Банатском Новом Селу.
Након завршетка предузимачких послова Српска црквена општина креће у опремање и уређење унутрашњости храма и изградњи и постављању иконостаса.
Иконостас Српске православне цркве у Банатском Новом Селу израдио је Карл Вагнер из Арада 1892. године и концепиран је у три зоне, уз употребу елемената са неокласицистичким обележјима. Иконе су смештене у полукружно профилисаним рамовима златне боје, где се на лучном завршетку налази декоративна флорна орнаментика у дуборезу, а поља у којима се налазе вертикално су раздвојена употребом белих стубића са златним коринтским капителима. Хоризонтална подела, осим архитравним венцима, наглашена је и ритмичким смењивањем дубине поља у којима су смештене иконе. Декоративни елементи , капители и украсне вазе на врху иконостаса рађени су од гипса и делимично на позлати. Овакво конструкција иконостаса и употреба беле и златне боје у наглашавању детаља својствени су традицији неокласицизма.
У току исте године Српска црквена општина расписала је Оглас за осликавање 32 иконе на иконостасу, Богородичном и Архијерејском трону, све са димензијама икона. Недуго потом, између неколико понуда, Српска црквена општина је за осликавање икона на иконостасу, Богородичном и Архијерејском трону изабрала иконописца, професора и академског сликара Стевана Тодоровића. Он је својим дописом од 20. марта 1893. године обавестио Новосељане да је спреман да ослика тражене иконе за суму од 5.550 форинти аустријске вредности за 14 месеци, а приложио је био и саме композиције и теме на иконама. Ова одлука о избору Стевана Тодоровића је била разумљива из неколико разлога. Као прво, овај уметник је у то време стварао највреднија дела из српског романтизма и скоро да није било области друштвеног, културног и уметничког деловања (театра, спорта, музике, педагогије, сликарства, графике, скулптуре, па чак и рестаурације слика), у којој Стеван Тодоровић није оставио дубок и неибрисив траг. Друго, иако је српска заједница у Банатском Новом Селу била малобројна, њу је чинио велики број занатлија и трговаца, па је ова одлука била и нека врста престижа. И треће, на избор Стевана Тодоровића, односно на његову одлуку да уопште конкурише највероватније је утицала и чињеница да је један од његових ученика био и Никола Зега (1863-1940), син Константина Зеге, председника прве Српске Црквене општине у селу.
Стеван Тодоровић је иконе радио 1894/95. године, и оне су освештане тек 20. маја 1897. године од стране Саве Стојшића, окружног протопрезвитера из Панчева.
Прву зону икона чине престоне иконе, царске и бочне двери, као и иконе у зони сокла. На престоним иконама приказани су: Свети Никола, Богородица са Христом, Исус Христос и Свети Јован Крститељ. У зони сокла, испод ових икона насликане су иконе Враћање вида Светом Стефану Дечанском, Свети кнез Лазар се приволео царству небеском, затим Света мати Ангелина и Света Ана. На бочним дверима су приказани архангел Михаило и архиђакон Стефан, док су на царским дверима насликане Благовести. Изнад двери налазе се иконе, Пријем Светог Симеона у Хиландар, Тајна вечера и Пострижење Светог Саве. У другој зони, око централне иконе Свете Тројице, смештене су иконе Преображења, Крштења, Рођења, Васкрсења, Вазнесења и Силазак Светог Духа. У трећој зони налазе се иконе, Христос пред Пилатом, Оплакивање Христа и Христос на Маслиновој гори, и изнад њих Распеће, фланкирано иконама Богородице и Светог Јована.
Теме из националне историје које су своје место нашле на иконостасу у Банатском Новом Селу Стева Тодоровић увео је у свој програм црквеног сликарства 1874. године, када је за иконостас топчидерске цркве насликао композицију Враћање вида Светом Стефану Дечанском.
На жалост, на иконостасу Српске цркве у Банатском Новом Селу, међу осталим променама на храму, последњих година (али и скоро) изведени су радови који су грубо и нестручно променили изглед оригиналних дела Карла Вагнера и Стевана Тодоровића. Окречена је у бело позадина икона (која је била имитација камена и мермера – сликане техником мраморирања), промењене су оригиналне Царске и бочне двери (са иконама савременог иконописца), а промењен је и изглед Богородичног и Архијерејског трона, које је такође осликао Стеван Тодоровић. Изнад свих икона одстрањена је и оригинална дрвена орнаментика…
Иако надлежан, Завод за заштиту споменика културе Панчево за све ово време није реаговао.
(Извори: „Српска црква Свете Тројице у Банатском Новом Селу“, Синиша Којић; „Црква Свете Тројице у Банатском Новом Селу“, Ивана Женарју)